Sainte patronne de Moulins. Depuis le XIIe siècle, la Vierge Noire fait l’objet de la vénération des Moulinois en remerciement de la protection insigne dont elle entoure la ville de Moulins depuis des siècles.
Les exemples qui en témoignent sont nombreux même si les épais registres dans lesquels étaient conservées « les grâces publiques et privées attribuées à Notre-Dame » ont été brûlés pendant la Révolution.
Ainsi, en 1562, lorsque les protestants s’apprêtaient à envahir la ville, après avoir dévasté le couvent des Carmes (actuelle église Saint-Pierre) situé dans les faubourgs, les fidèles vinrent implorer l’aide de la Vierge Noire.
Son intervention allait alors protéger le sanctuaire car, ainsi que le rapporte le célèbre écrivain régionaliste Achille Allier, « les assaillants, se dissipèrent miraculeusement par la vue de la roue de lumière que les fidèles avaient allumée autour de Notre-Dame ».
En 1629, lorsque la ville de Moulins fut atteinte par la peste, cette roue de lumière fut à nouveau allumée par les Moulinois pour protéger la cité.
Le 21 novembre 1655, Moulins fut en proie à un violent incendie qui embrasa le cœur même de la ville. Les flammes étaient si intenses que le Jacquemart lui-même était menacé. Les magistrats de la cité ducale demandèrent alors aux chanoines d’amener la statue de Notre-Dame face au brasier afin d’implorer sa protection. À peine la statue fut-elle descendue, que quelqu’un jeta promptement le manteau qui la couvrait au milieu des flammes. Aussitôt, nous disent les chroniqueurs de l’époque, « le vent cessa, les flammes s’abattirent et l’on vit tomber du haut de la tour en gros pelotons de feu, les matières embrasées qui s’éteignirent sur-le-champ ».
En action de grâces, une procession de la vénérable statue fut instituée chaque 2 décembre, jour de la fête de la Présentation de Marie, par une ordonnance émanant des magistrats de la cité.
Au XVIIIe siècle encore, en 1712 et 1757, pour protéger la ville des grandes sécheresses comme des inondations ou des orages, on porta l’image de la Vierge en procession et les prières des Moulinois furent exaucées.
Le 19 juin 1910, jour de la fête de Notre-Dame de Moulins, en présence de quatorze évêques, eut lieu le couronnement solennel de la Vierge Noire.
Le 8 décembre 1946, Mgr Roncalli, alors nonce apostolique en France mais qui allait, douze ans plus tard, devenir pape sous le nom de Jean XXIII, vint apposer une plaque votive auprès de la Vierge Noire pour la remercier d’avoir protégé, grâce aux intenses prières que les moulinois avait élevées à Notre Dame pour demander son intercession, la ville de Moulins lors des deux derniers conflits mondiaux. (In fiche signalétique de l’église)

.Réfection du vitrail à l’aide de bouche-trous, avec réutilisation d’une Pietà.
.Elle est fouettée - restes d’une autre scène dans le haut de la lancette.
.Elle est livrée aux supplices par son père : les bourreaux lui attachent les seins avec forces. Dans le haut de la lancette, restes d’un autre épisode : construction de la tour de sainte Barbe.
.Réfection du vitrail à l’aide de bouche-trous, avec réutilisation d’un personnage barbu. (In fiche signalétique du vitrail)

.Abbé mitré présentant Charles Popillon chevalier et seigneur de Riau, président de la chambres des comptes de Moulins, sous Pierre II de Bourbon.
.Sainte martyre présentant Marie Brinon épouse de Charles Popillon.
.Archevêque présentant leurs trois fils, dont Nicolas Popillon, gouverneur des finances de Pierre II de Bourbon et panetier d’Anne de France.
.Saint Antoine l’hermite et les trois filles de Charles Popillon et Marie Brinon, dont Isabeau, épouse de Jean de Hocqueville, maître des comptes du roi de France Charles VIII.(In fiche signalétique du vitrail)

Haut
.Lors de la première croisade, Godefroy de Bouillon, reconnaissable aux croix blanches de son vêtement rouge, arrive devant Jérusalem.
.Bataille contre les Musulmans pour la prise de Jérusalem.
.Victoire de Godefroy de Bouillon et prise de Jérusalem.
.Godefroy de Bouillon quitte la ville vaincue, emportant la couronne d’épines.
Bas
.Godefroy de Bouillon donne la couronne d’épines au roi de France, saint Louis, qui porte le collier de l’ordre de saint Michel et un vêtement fleurdelisé.
.La couronne portée en procession par un évêque, suivi de saint Louis, et Godefroy de Bouillon.
.Geoffroy Aubery en prière accompagné de ses quatre fils, présenté par Godefroy de Bouillon. Sur son prie-Dieu est posé un livre d’heures où est écrit “Misere nostri Domine” (Prends pitié de nous Seigneur). Il était le seigneur du Plessis, d’Ardenne et d’autres lieux, et fut maire de Moulins en 1553. Il prétendait descendre de Guy Aubery, qui vendit ses biens pour suivre Godefroy de Bouillon.
.Claudine Chabas, épouse de Godeffroy Aubery, accompagnée de leurs deux filles, présentées par saint Claude évêque de Besançon. Sur son livre d’heure est écrit "Misere nostri Domine". (In fiche signalétique du vitrail)

.Arbre de Jessé : généalogie de la Vierge Marie, il s’agit d’un grand lys aux fleurs d’un blanc immaculé, dont sortent chacun des ancêtres de celle-ci.
.Partie détruite à la révolution française. Comblée en 1956 par un vitrail réalisé par l’atelier Chigot d’après un carton du peintre Paul Bony représentant l’immaculée Conception. (In fiche signalétique du vitrail)

.Sainte Anne apprenant à lire à la Vierge.
.Jeanne de France, épouse de Jean II de Bourbon et sœur du roi Louis XI. Elle est remplacée par Françoise Grossier, épouse de Thierry de Dornes - armes faisant référence à celles de Catherine dArmagnac, seconde épouse de Jean II de Bourbon.
.Groupe localement attribué à Anne de France, son époux Pierre II de Bourbon et leur fille Suzanne
.Sainte Catherine d’Alexandrie écrasant l’empereur Maximien. Ce vitrail, ajouté au XVIe siècle, remplace le meneau d’origine. Devise "Rien Partout" avec le faucon et chien luttant, emblème de la famille de Dornes, dans le damas de la robe de Sainte Catherine.
.Charles II de Bourbon, frère de Jean II de Bourbon, archevêque, cardinal de Lyon.
.Charlemagne, saint patron du cardinal Charles de Bourbon, en prière devant lui.
Saint Jean-Baptiste, saint patron du Duc Jean II de Bourbon.
Le duc Jean II de Bourbon, constructeur de la Collégiale. Le portrait est remplacé au XVIe siècle par Thierry Fouet de Dorne, seigneur de Cordeboeuf, président de la chambre des comptes de Bourgogne puis secrétaire des finances du duc de Bourbon. (In fiche signalétique du vitrail)

. Saint Bonnet, évêque de Clermont présentant Bonne Fihol, épouse de Jean Chanteau, ainsi qu’une de leur fille.
.Saint Jean-l’Évangéliste.
. Saint Jean l’Évangéliste présente Jean Chanteau, secrétaire, maître des comptes, gardes des sceaux d’Anne de France et premier maire de Moulins.
.Sainte Élisabeth de Hongrie, la réfection de la lancette ayant fait disparaître le sujet initial. (In fiche signalétique du vitrail)

Jean-Baptiste jeune, vêtu de sa tunique en poil de-chameau, médite la Sainte écriture dans le désert ; Annonciation à Zacharie ; Naissance de Jean-Baptiste et imposition du nom de Jean "lohannes est nomen eius" ; Jean-Baptiste prêche dans le désert, annonçant la venue du Messie ; Baptême du Christ ; Jean Baptiste adulte dans le désert, accompagné de l’Agneau au nimbe cruciforme ; La cour du roi Hérode ; Décollation de saint Jean-Baptiste ; Salomé apportant à Hérode la tête de saint Jean-Baptiste sur un plat ; Le festin d’Hérode. (In fiche signalétique du vitrail)

.Isabeau, épouse de Gilles le Tailleur et ses quatre filles.
.Saint Gilles et sa biche, présentant Gilles Le Tailleur, argentier de Charles Ier de Bourbon, accompagné de ses six fils.
.Marie - devise de Gilles Le Tailleur.
.Christ en croix, entouré de séraphins - Devise de Gilles le Tailleur sur les colonnes qui l’entourent "Dites Oy" (Dites oui). .
.Saint Jean l’évangéliste - devise de Gilles Le Tailleur. (In fiche signalétique du vitrail)

.Vierge de Douleur au pied de la croix.
.Christ en croix, entouré de trois anges recueillant le sang dans des calices. Un ange tient les armes de Charles II de Bourbon archevêque, cardinal et primat des Gaules de Lyon, proche conseiller de Louis XI, frère de Jean II et Pierre II de Bourbon.
.Saint Jean l’évangéliste. (In fiche signalétique du vitrail)

.Les empereurs Adrien et Antonin, accompagnés de sept païens, veulent forcer les neuf mille soldat d’Acace à renier leur foi - lettres “KLM” chiffre de Jean de la Goutte, seigneur de l’écluse, président de la Chambre des comptes du Bourbonnais, intendant des finances, conseiller et garde-scel du duc jean II de Bourbon.
.Ils sont flagellés - Lettres "KLM"
.Mille païens se convertissent et les rejoignent dans le martyre. Les dix mille martyrs sont alors crucifiés au mont Ararath - lettres "KLM”
.Des anges enterrent les martyrs qu’un tremblement de terre avait fait tombe de cette forêt de croix - lettres "KLM". (In fiche signalétique du vitrail)

.Saint Pierre, présentant Pierre PetitDé, haut fonctionnaire bourgeois au service des ducs de Bourbon. Il a été remplacé sans doute après sa mort par son fils Nicolas PetitDé, gouverneur des finances du duc Jean II de Bourbon, quand celui-ci a hérité de l’emplacement.
.Vierge au trône couronnée (couronne détruite) avec l’enfant Jésus jouant avec un livre. Des anges en prière l’adorent.
.Sainte Barbe patronne de Barbe Cadier épouse de Pierre PetitDé, également ôtée par son fils Lorsque son fils en a pris possession. Le vide a été comblé après la Seconde Guerre mondiale avec un personnage provenant d’un autre vitrail. (In fiche signalétique du vitrail)